Организационната структура на Военноморските сили включва:

• Командване на Военноморските сили в състав: Командир на Военноморските сили, Заместник-командир, Началник на щаба и Щаб
• флотилия бойни и спомагателни кораби (фбск) в състав: Щаб на фбск; два пункта за базиране с отряди плаващи средства и съоръжения, ремонтна работилница и склад за въоръжение и техника; корабни дивизиони; формирования, осигуряващи командване, управление и комуникации
• брегова опорна система за комуникационно-информационна поддръжка
• морски оперативен център
• хидрографска служба
• отделна морска вертолетна авиобаза
• брегови информационен отряд
• морски специален разузнавателен отряд
• отделен отряд за електронно разузнаване
• брегови ракетно артилерийски дивизион
• осигуряващи формирования
• база за съхранение на технически имущества
• представителен духов оркестър
• рота „Военна полиция“